Завод основан в конце 19-го века (1885 год) Сальвадором Лопес Лопес, предпринимателем  и увлеченным  энтузиастом  всего, что связано с винами, основавшим небольшую винодельню, где сначала сам изготавливал вина, отжимая сусло на небольшом прессе, а затем экспериментировал с их выдержкой.

В 1896 году в бизнес вошел его брат Франсиско Лопес Лопес , вдвоем они провели большую работу и расширили производство, и  начали продажи вин под тремя торговыми марками: «Малага Вирхен», «Мускат Сальвадор» и «Трахиньехо».

Еще задолго до того, что сегодня известно как «маркетинг», они уловили  тенденции винного рынка, и впервые применили к некоторым крепленым винам Малаги ароматизацию экстрактом хинина, так появилось вино под торговой маркой «Кина Сан Клементе», которое произвело настоящий фурор в 60-е годы. Это стало основой последующего развития винодельни.

В конце 80-х годов  внуки основателя  становятся владельцами  80 % акций компании и выпускают на рынок  новые продукты, такие как «Москатель  Иберия» и «Картохаль», основой которых является знаменитый малажский мускат. Продукт «Картохаль» можно назваться самым инновационным из всех вин Малаги за последние 50 лет.

Благодаря огромному опыту в виноделии одного из внуков основателя завода Хуан Игнасио де Бургос Лопеса, появляются совершенно новые продукты такие как линейка вин со специальным дизайном «Резервас де Фамилья», «Трес Леонес», «Москатель Наранха», а за ними и белые сухие вина «Барон де Риверо».

В 2005 году Хуан Игнасио де Бургос Лопес и его дочь Пилука выкупают 100% акций  завода. За этим следуют реформы, которые проводят отец и дочь, они строят новую бодегу в Фуэнте де Пьедра, и переводят туда все основное производство.

            «Бодегас Малага Вирхен» лидирует среди производителей малаги. Именно эта бодега поставляла малагу российскому царскому двору и до сих пор хранит своих подвалах бочки из сибирского кедра.